Quand un salarié est en arrêt maladie, l’employeur a lui aussi des obligations : établir l’attestation de salaire, parfois maintenir une partie du salaire, gérer la suspension du contrat et préparer la reprise. Voici, côté employeur de TPE et PME, ce qu’il faut faire et les pièges à éviter. Précision importante d’emblée : les montants et durées d’indemnisation ont fait l’objet de plusieurs évolutions réglementaires récentes, si bien que cet article privilégie les règles stables et vous renvoie, pour les chiffres exacts, aux sources officielles et à votre gestionnaire de paie.
Arrêt maladie : ce que cela change pour l’employeur
L’arrêt maladie est prescrit par un médecin et se traduit, pour l’entreprise, par une suspension du contrat de travail : le contrat n’est pas rompu, il est mis en pause. Pendant cette suspension, le salarié n’exécute plus sa prestation et l’employeur n’a pas à lui fournir de travail ni, en principe, à lui verser sa rémunération habituelle, sous réserve du maintien de salaire évoqué plus loin.
Le salarié doit prévenir l’employeur et lui transmettre le justificatif d’arrêt dans un délai généralement fixé à 48 heures, sauf délai différent prévu par la convention collective. De son côté, l’employeur a des démarches à accomplir sans tarder, notamment vis-à-vis de l’Assurance maladie.
Les obligations de l’employeur à réception de l’arrêt
La première obligation, et la plus importante, est d’établir l’attestation de salaire et de la transmettre à la caisse d’Assurance maladie (le plus souvent via la déclaration sociale nominative). C’est ce document qui permet à la CPAM de calculer et de verser les indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS) au salarié. Sans elle, l’indemnisation du salarié est bloquée : ne pas la faire, ou la faire trop tard, est l’erreur à éviter en priorité.
L’employeur doit aussi respecter la suspension du contrat (ne pas exiger de travail), et surtout ne prendre aucune mesure fondée sur l’état de santé du salarié, qui serait discriminatoire. Selon la convention collective et l’ancienneté, il peut par ailleurs être tenu de compléter les indemnités de la Sécurité sociale.
Le maintien de salaire par l’employeur
Dans de nombreux cas, l’employeur doit assurer un maintien de salaire : verser un complément aux IJSS pour garantir au salarié une partie de sa rémunération pendant l’arrêt. Ce maintien découle de la loi (dite de mensualisation) et, très souvent, de la convention collective, qui prévoit des conditions plus favorables.
Le maintien de salaire est soumis à des conditions (notamment d’ancienneté et de transmission de l’arrêt dans les délais), peut comporter un délai de carence avant de s’appliquer, garantit un pourcentage de la rémunération et se déploie sur une durée qui augmente avec l’ancienneté.
C’est précisément sur ces paramètres (condition d’ancienneté, délai de carence, taux, durée du maintien, mais aussi mode de calcul des IJSS elles-mêmes) que la réglementation a été modifiée récemment, et la convention collective peut y déroger dans un sens plus favorable. Ne présumez pas de ces chiffres : faites confirmer le taux, la durée et la carence applicables à votre situation par votre expert-comptable ou votre gestionnaire de paie, et vérifiez les règles d’indemnisation en vigueur auprès de l’Assurance maladie et de l’URSSAF. C’est le seul moyen d’éviter une erreur coûteuse dans un domaine mouvant.
La subrogation : percevoir les IJSS à la place du salarié
Lorsque l’employeur maintient le salaire, il a intérêt à demander la subrogation : dans ce cas, c’est lui qui perçoit directement les indemnités journalières de la Sécurité sociale, à la place du salarié, pour la période pendant laquelle il maintient la rémunération. Cela évite de faire l’avance des IJSS à fonds perdus et simplifie la gestion. La subrogation se demande dans l’attestation de salaire.
La contre-visite médicale patronale
L’employeur qui verse un complément de salaire peut faire procéder à une contre-visite médicale : un médecin qu’il mandate vérifie le bien-fondé de l’arrêt, en général au domicile du salarié. Cette possibilité est encadrée. Son résultat peut avoir des conséquences sur le maintien de salaire versé par l’employeur (par exemple sa suspension), sans se confondre avec le contrôle propre à l’Assurance maladie, qui relève d’elle seule.
Peut-on licencier un salarié en arrêt maladie ?
La règle de principe est claire : il est interdit de licencier un salarié en raison de son état de santé. Un licenciement fondé sur la maladie est discriminatoire et nul.
Il reste toutefois possible de rompre le contrat pour un motif étranger à l’état de santé (par exemple une faute sans lien avec l’arrêt, ou un motif économique). Par ailleurs, en cas de maladie non professionnelle prolongée ou d’absences répétées, un licenciement peut, à des conditions strictes posées par la jurisprudence, être justifié si l’absence désorganise l’entreprise et rend nécessaire le remplacement définitif du salarié. Ces situations sont délicates et la protection est renforcée en cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle : ne vous y engagez pas sans un conseil juridique.
La reprise du travail
À l’issue de l’arrêt, au-delà d’une certaine durée d’absence, une visite médicale de reprise auprès de la médecine du travail est obligatoire, et c’est à l’employeur de l’organiser. Elle vérifie l’aptitude du salarié à reprendre son poste. Selon les situations, d’autres dispositifs peuvent être mobilisés : la visite de pré-reprise pendant l’arrêt, ou une reprise en temps partiel thérapeutique. Les seuils de durée déclenchant la visite de reprise étant fixés par la réglementation, vérifiez celui qui s’applique au type et à la durée de l’arrêt concerné.
Arrêt maladie et congés payés
Une évolution récente mérite l’attention des employeurs : les salariés acquièrent désormais des congés payés pendant un arrêt maladie, y compris pour une maladie non professionnelle, dans une limite fixée par la loi. C’est un changement notable par rapport à la situation antérieure. Là encore, comme les modalités précises (nombre de jours acquis, plafond, périodes concernées) relèvent de textes récents, appuyez-vous sur les règles en vigueur et sur votre gestionnaire de paie pour le décompte exact.
Gérer les arrêts maladie dans l’entreprise
Au-delà des règles, l’arrêt maladie est un sujet d’organisation. Les difficultés viennent souvent d’un suivi défaillant : attestation de salaire oubliée, justificatif non archivé, visite de reprise non organisée, échéances de maintien de salaire mal suivies. Garder pour chaque salarié la trace des absences, des dates d’arrêt et de reprise, des justificatifs et des démarches accomplies évite la plupart de ces erreurs.
Un outil de gestion d’entreprise comme Djaboo aide à centraliser le suivi des absences et les documents associés, et à ne pas manquer les échéances liées à chaque arrêt, sans se substituer au calcul de la paie (IJSS, maintien de salaire, subrogation), qui reste du ressort du gestionnaire de paie ou de l’expert-comptable. Ce suivi s’inscrit dans une gestion des temps de travail et des absences bien tenue, utile aussi pour piloter l’absentéisme sur la durée.
Les erreurs à éviter
- Oublier l’attestation de salaire. Sans elle, la CPAM ne peut pas verser les IJSS au salarié. C’est la démarche à ne jamais négliger, ni retarder.
- Présumer des montants d’indemnisation. Taux de maintien, durée, délai de carence et calcul des IJSS ont évolué et dépendent de la convention collective : faites-les confirmer plutôt que de vous fier à un chiffre mémorisé.
- Licencier en raison de la maladie. Un licenciement fondé sur l’état de santé est nul. Toute rupture doit reposer sur un motif étranger, et les cas de désorganisation restent délicats.
- Oublier la subrogation. Quand vous maintenez le salaire, la demander vous évite d’avancer les IJSS à fonds perdus.
- Négliger la visite de reprise. Elle est obligatoire au-delà d’une certaine durée d’absence et c’est à l’employeur de l’organiser.
Questions fréquentes sur l’arrêt maladie côté employeur
Que doit faire l’employeur à réception d’un arrêt maladie ?
Établir et transmettre l’attestation de salaire à l’Assurance maladie (via la DSN), pour permettre le versement des IJSS. Selon l’ancienneté et la convention collective, il peut aussi devoir maintenir une partie du salaire, et il doit respecter la suspension du contrat sans prendre de mesure liée à l’état de santé.
L’employeur doit-il maintenir le salaire ?
Souvent oui, sous conditions (ancienneté, transmission de l’arrêt dans les délais), en complément des IJSS, selon la loi et la convention collective. Le taux, la durée et l’éventuel délai de carence ont évolué récemment et varient selon la convention : faites confirmer les paramètres applicables par votre gestionnaire de paie.
Qu’est-ce que la subrogation ?
C’est le mécanisme par lequel l’employeur qui maintient le salaire perçoit directement les indemnités journalières de la Sécurité sociale à la place du salarié, pour la période concernée. Elle se demande dans l’attestation de salaire et évite d’avancer les IJSS à fonds perdus.
Peut-on licencier un salarié en arrêt maladie ?
Pas en raison de son état de santé, ce qui serait discriminatoire et nul. Un licenciement reste possible pour un motif étranger à la maladie, ou, à des conditions strictes, lorsque des absences prolongées ou répétées désorganisent l’entreprise et imposent un remplacement définitif. La protection est renforcée pour les accidents du travail et maladies professionnelles.
Une contre-visite médicale est-elle possible ?
Oui, l’employeur qui verse un complément de salaire peut mandater un médecin pour une contre-visite. Son résultat peut affecter le maintien de salaire versé par l’employeur, sans se confondre avec le contrôle de l’Assurance maladie.
Le salarié acquiert-il des congés pendant l’arrêt ?
Depuis une évolution récente, oui : des congés payés s’acquièrent pendant un arrêt maladie, y compris non professionnelle, dans une limite fixée par la loi. Le décompte exact dépend des textes en vigueur, à vérifier avec votre gestionnaire de paie.
L’essentiel à retenir
Face à un arrêt maladie, l’employeur suspend le contrat sans le rompre, établit sans délai l’attestation de salaire pour déclencher les IJSS, et, selon l’ancienneté et la convention collective, maintient une partie du salaire, avec la possibilité de demander la subrogation. Il ne peut jamais licencier en raison de l’état de santé, doit organiser la visite de reprise au-delà d’une certaine durée d’absence, et tient compte des congés désormais acquis pendant l’arrêt. Comme les montants, taux, durées et délais d’indemnisation ont évolué récemment et dépendent de la convention collective, le réflexe juste est de faire confirmer ces chiffres par votre gestionnaire de paie et de vérifier les règles en vigueur auprès des sources officielles, tout en gardant un suivi rigoureux des absences dans l’entreprise.













